El 22 de abril de 1997 se realizó la operación Chavín de Huántar, cuyo objetivo era liberar a 72 rehenes que permanecieron secuestrados durante 126 días en la residencia del embajador japonés, Morihisa Aoki, por catorce miembros del Movimiento Revolucionario Túpac Amaru (MRTA).

El grupo de rescate, conformado por 140 efectivos, estuvo comandado por el general EP José Williams. Cuatro equipos entraron por el primer piso y otros cuatro por el segundo, todos ellos portaban pistolas ametralladoras HKM95 con silenciador, mientras que los emerretistas tenían fusiles AKM, armas cortas y granadas. La acción militar duró 36 minutos.

Aunque la versión oficial afirma que los terroristas cayeron abatidos durante el combate, hay razones para presumir que varios de ellos fueron ejecutados extrajudicialmente.

La exhumación de los cadáveres de los emerretistas se realizó en marzo del 2001 y estuvo a cargo del Equipo Peruano de Antropología Forense (EPAF). Ocho cuerpos presentaban disparos en la cabeza efectuados desde atrás hacia delante, dirección atípica en un enfrentamiento.

Según este peritaje, en el momento en que se efectuaron los tiros las víctimas estaban en un estado de movilidad nula o casi nula.

Hidetaka Ogura afirma que tres emerretistas, entre ellos  Eduardo Cruz Sánchez (a) “Tito”, se rindieron pero aparecieron muertos al finalizar la operación. El general PNP Máximo Rivera, ex-jefe de la DINCOTE, reveló haber escuchado a un emerretista pedir perdón. Asimismo, el congresista Xavier Barrón declaró que un amigo suyo, también ex-rehén, había visto a un emerretista rendirse.

Los policías Raúl Robles Reynoso y Marcial Torres Arteaga se convirtieron en testigos claves en estas presuntas ejecuciones extrajudiciales. Según sus declaraciones, tras culminar el operativo, capturaron vivo al emerretista Eduardo Cruz Sánchez (a) “Tito” y lo entregaron a un comando enviado por el teniente coronel EP Jesús Zamudio Arteaga.

En este contexto de silencio e impunidad, en mayo de 2001, la jueza anticorrupción Cecilia Pollack, a pedido del fiscal Richard Saavedra, ordenó la detención preliminar de 12 oficiales del Ejército. Frustradamente,  los entonces congresistas José Barba Caballero y Rafael Rey (Unidad Nacional), y José Delgado (APRA) presentaron al Congreso pedidos de amnistía para los militares que participaron en el operativo.

En junio de 2002, la vocalía permanente del Consejo Supremo de Justicia Militar inició el juicio a los comandos. Sin embargo, días después, se inició el proceso en el fuero común. El juez anticorrupción Jorge Barreto Herrera abrió juicio a Jesús Zamudio Aliaga (quien se encuentra prófugo), Nicolás de Bari Hermoza, Vladimiro Montesinos y Roberto Huamán Azcurra. Estos tres últimos no habían sido incluidos en el proceso seguido por el fuero militar. A Jesús Zamudio Aliaga y Roberto Huamán Azcurra se les incluyó en el proceso porque ingresaron a la residencia, después de producirse el rescate de los rehenes. Se presume que ingresaron por órdenes de Vladimiro Montesinos y que tuvieron alguna participación en las ejecuciones extrajudiciales realizadas en el operativo.

Luego, en agosto, la Sala Penal Transitoria de la Corte Suprema trasladó al fuero militar el juzgamiento de quince comandos que participaron en ese operativo, justificando que se trataba de un delito de función porque la acción se produjo en el ámbito de una zona declarada en emergencia. Asimismo, el Ministro de Defensa, Aurelio Loret de Mola, señaló la inocencia de los comandos que participaron en el operativo.

Esta decisión se trató de justificar al señalar que es un delito de función porque la acción se produjo en el ámbito de una zona declarada en emergencia. Sin embargo, esto se contradice con el artículo 8.1 de la Convención Interamericana de Derechos Humanos, así como la jurisprudencia de la Corte Interamericana de Derechos Humanos, de la que Perú ha reconocido la competencia en el año 2001. Del mismo modo, dicho fallo viola el artículo 14 del Pacto Internacional de Derechos Civiles y políticos. Estos convenios estipulan que toda violación a los derechos humanos debe ser juzgada por fuero común, aun cuando haya sido cometida por miembros de las fuerzas militares.

Sin embargo, la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia dispuso que unos imputados sean investigados en el fuero militar y otros en el fuero común. En el primero, el proceso es por delito de gentes, homicidio y abuso de autoridad, mientras que en el segundo, se ha abierto proceso por homicidio calificado (este delito no figura entre los delitos de función contemplados por el código militar, por lo que debe investigarse y juzgarse en el fuero común). Además, se dispuso la acumulación obligatoria de causas que no guardan relación alguna y que están en distintas etapas procesales, sospechosamente esa distinción fue la propuesta del Ministro de Defensa, Aurelio Loret de Mola.

El 12 de noviembre de 2003, la Sala de Guerra resolvió archivar la causa seguida contra Augusto Jaime Patiño(r), José Williams Zapata, Luis Alatrista Torres, Carlos Tello Aliaga, Benigno Leonel Cabrera Pino, Jorge Orlando Fernández Robles, Hugo Víctor Robles del Castillo, Víctor Hugo Sánchez Morales, Raúl Huarcaya Lovón, Walter Martín Becerra Noblecilla, José Alvarado Díaz, Manuel Antonio Paz Ramos, Jorge Félix Díaz, Juan Carlos Moral Rojas, Tomás César Rojas Villanueva y otros 94 efectivos que participaron en el operativo Chavín de Huántar, por el delito de abuso de autoridad y homicidio calificado por no existir prueba alguna que acredite su responsabilidad.

El 5 de abril de 2004 la Sala Revisora del Consejo Supremo de Justicia Militar confirmó la resolución de de la Sala de Guerra que archivo la causa.

Por su parte en el Fuero civil, tras la exclusión de los comandos, el proceso penal siguió su curso. Las investigaciones judiciales concluyeron el 22 de noviembre de 2004, siendo remitido el expediente a la Sala Penal Especial y luego derivado a la Sala Penal Especial A para el inicio de la etapa de juicio oral.

Lamentablemente, se produjo una contienda de competencia entre la Sala Penal Especial A (Hoy Primera Sala Penal Especial) y la Sala Especial C (Hoy, Tercera Sala Penal Especial) respecto de quién era competente para conocer el juicio oral, lo cual retrasó el proceso. El 22 de setiembre de 2005, la Sala Penal Transitoria de la Corte Suprema dispuso la remisión del expediente a la Sala Penal Especial “C” (Tercera Sala Penal Especial), para la continuación de la tramitación del proceso.

El 22 de setiembre de 2006, la Tercera Fiscalía Superior Especializada en delitos de corrupción de funcionarios formuló acusación en contra de Nicolás de Bari Hermoza Ríos, Vladimiro Montesinos Torres, Roberto Edmundo Huamán Azcurra y Jesús Salvador Zamudio Aliaga por el delito de Homicidio calificado, en agravio de Herma Luz Meléndez Cueva, Victor Salomón Peceros Pedraza y Nicolás Cruz Sánchez. Para ellos se solicitó 18, 20 y 15 años (para los dos últimos), respectivamente, de pena privativa de la libertad, así como una reparación de civil de 500,000 soles a favor de los deudos de las víctimas. En el caso de Juan Fernando Dianderas Ottone, Martín Fortunato Luis Solari de la Fuente y Herbert Danilo Angeles Villanueva, fueron acusados de delito contra la administración de justicia-encubrimiento real, en agravio del Estado, y se solicitó 5 años y cuatro meses, 3 años y 4 años, respectivamente, de pena privativa de la libertad, inhabilitación para ejercer cargo público y un pago 500,000 soles por concepto de reparación civil.

En virtud de la acusación de la Tercera Fiscalía Superior, la Tercera Sala Penal Especializada emitió una resolución en la que dispuso pasar a juicio oral a todas las personas anteriormente mencionadas, salvo Jesús Salvador Zamudio Aliaga a quien se ha reservado el juzgamiento hasta que sea puesto a disposición de la justicia. Se señaló como fecha del inicio del juicio oral el día 18 de mayo de 2007, a las 08:30 a.m. de la mañana, en la Tercera Sala Penal Especial de la Base Naval del Callao.

La fiscalía también pidió llevar a juicio al ex director de la PNP Fernando Dianderas Ottone, el director de la Sanidad policial, general Martín Solari de la Puente, y al jefe del Servicio de Anatomía Patológica del Hospital Central de la Policía, comandante Herbert Ángeles Villanueva, por delito de encubrimiento. Sin embargo, el Tribunal consideró que los cargos contra ellos han prescrito por el paso del tiempo trascurrido desde que ocurrió el rescate de los rehenes de la legación japonesa en Lima, el 22 de abril de 1997. La fiscalía pedía juzgarlos por no realizar los exámenes médicos necesarios para determinar las causas oficiales de la muerte de los subversivos, lo que permitió que se ocultara durante muchos años la ejecución ilegal de tres emerretistas rendidos